مأموریت اصلی صندوق «ارزشآفرینی ماندگار در اکوسیستم فناوری و نوآوری کشور با اهرمسازی منابع وقفی و غیردولتی» است. بانکها عمدتاً بر تأمین مالی مبتنی بر وثایق سنگین تمرکز دارند، اما صندوق ماندگار با ماهیت توسعهای و سرمایهگذاری ریسک پذیر، نقش «سرمایهگذار صبور» و «ضامن اعتباری» را برای شرکتهای دانشبنیان ایفا میکند. ضمانتنامههای صندوق از نظر اعتبار، معادل ضمانتنامه بانکی هستند.